يهدف برنامج متحف المخطوطات إلى تعريف النشء الحضارة الإسلامية وأهميتها وتوسعاتها في بقاع كثيرة من الأرض. فقد كانت حضارةً عامَّة شملت كل مناحي الحياة السياسية والاجتماعية والاقتصادية والعمرانية والأدبية. وسيتم ربط العصور المختلفة وأسباب قيامها وسقوطها بالمناهج الدراسية المختلفة بأسلوب جذاب.