ينظِّم مركز ومتحف المخطوطات مؤتمرًا دوليًّا سنويًّا تستضيف جلساته كبار المتخصصين الدوليين في التراث العربي الإسلامي وعلم المخطوط، كما يُعنى المؤتمر السنوي بإلقاء الضوء على جوانب التراث المجهولة، والتعريف بالذخائر التراثية الأكثر ندرة الموزَّعة على مكتبات العالم. وكذلك النظر في الأثر الذي خلَّفته حضارتنا في حضارة الإنسانية، وتأكيد الحضور العربي الإسلامي في تاريخ الإنسانية، كما يُعنى أيضا بالكشف عن الأصول العربية، قبل الإسلامية، وعوامل تكوين المنظومة الحضارية العربية الإسلامية. ومن ثم توالت المؤتمرات لدراسة الموضوعات التالية:
- المخطوطات الألفية (سبتمبر 2004)
- المخطوطات الموقعة (أبريل 2005)
- المخطوطات الشَّارحة (مايو2006)
- المخطوطات المترجمة (مايو 2007)
- المخطوطات المطوية (مايو 2008)
- النشر التراثي (مايو 2009)
- التواصل التراثي: أصول ومقدمات التراث العربي (مايو 2010)