Le Musée des Manuscrits organise périodiquement, en collaboration avec les Bibliothèques des Enfants et des Jeunes et le Centre d’Activités Francophones (CAF), nombre d’activités au cours des vacances de mi-année et celles d’été. Outre l’objectif de valoriser les collections du Musée du Manuscrits, ces activités visent à consolider l’envie d’apprendre chez les enfants et les jeunes et les invitent à en savoir plus sur leur histoire et leur identité. Venant compléter le programme d’histoire enseigné en classe durant l’année scolaire, elles s’articulent autour de plusieurs thèmes, choisis en fonction de l’âge des participants, dont : du parchemin au livre, les manuscrits illustrés, les manuscrits de la calligraphie arabe, le métier de conservateur, l’histoire de la fabrication du papier, l’histoire de l’ancienne Bibliothèque d’Alexandrie, la « kiswa » de la Kaaba (étoffe de soie recouvrant la kaaba à la Mecque), les manuscrits des savants arabes, les réalisations des arabes et des musulmans, l’histoire de l’Egypte contemporaine, l’expédition française en Egypte, le rôle de Méhémet-Ali dans la renaissance de l’Egypte, et l’histoire du Canal de Suez entre le passée et le présent.