بعد التعديلات الهيكلية التي خضعت لها إدارات مكتبة الإسكندرية، صار لمركز المخطوطات كيانٌ مستقلٌ عن صِنوه متحف المخطوطات. ولعل هذا التغيير يمثل واحدًا من المحدِّدات التي سَتُشكل مسار مركز المخطوطات المستقبلي. وأهم هذه المحددات هو مسار الدراسات العلمية المتخصصة.
ويمثل قسم المخطوطات الأصلية واسطة العقد ومكنز المركز الذي يضم أنفس مقتنياته، فهو يضم مجموعاتٍ متنوعةً من المخطوطات منها: المخطوطات الأصلية، وعلى رأسها: مجموعةُ مكتبة بلدية الإسكندرية التي تشمل (4923) مخطوطة منها: (4412) مخطوطة أصلية، تحتوي على (7668) عنواناً، بالإضافة إلى المجموعات المهداة. وأهم أعمال القسم حالياً يتمثل في إعداد فهارس تحليلية بمحتويات المجموعة الخطية التي تملكها المكتبة، وكذلك تقديم الخدمات البحثية للمترددين إلى قاعة الاطلاع.
وإكمالاً لما طرأ على المركز من تكريسٍ لتوجُّهه الأكاديمي، أُنشئت وحدة فهرسة وتحقيق المخطوطات، وهي وحدة تضم مجموعة من الباحثين المختصين بفهرسة المخطوطات العربية والإسلامية وتحقيقها، وقد قاموا بفهرسة مجموعات خطية كاملة مثل مجموعة دير الإسكوريال بإسبانيا. واستعانت بهم مؤسسات علمية عالمية كبرى مثل المؤسسة البريطانية Wellcome Trust Foundation في فهرسة مجموعتها الخطية. وتقدم الوحدة خدمة الاطلاع على مصورات المخطوطات وإتاحتها للباحثين.
أما قسم الدراسات الأكاديمية والفعاليات فيهتم بجمع وترجمة وتحرير الدراسات العلمية الجادة الرصينة المتعلقة بالتراث العربي الإسلامي، بكل تجلياته وعلائقه ووشائجه بغيره من الحضارات القديمة. كما يهتم القسم بالإعداد والإشراف على جميع الفعاليات العلمية والأكاديمية التي يعقدها المركز، مثل الدورات التدريبية المتخصصة، والمؤتمرات العلمية، والندوات، ودورية المركز المحكّمة، والموقع الإلكتروني.
وفي ضوء ما سبق تتضح معالم مسارات مركز المخطوطات المستقبلية المتمثلة في الآتي:
- تحقيق المخطوطات النادرة تحقيقًا علميًا، ونشر هذه التحقيقات بالتعاون مع المراكز والمؤسسات العلمية ودور النشر الكبرى.
- جمع الأبحاث النادرة المنثورة في بطون الدوريات العلمية الخاصة بأحد أعلام الدراسات التراثية العرب أو الأجانب المهتمين بالتراث العربي.
- ترجمة ونشر أحدث الدراسات الأكاديمية وأعلاها رصانةً فيما يخص مباحث وفروع التراث العربي والإسلامي كافة.
- نشر وتحرير الفهارس الخاصة بالمجموعة الخطية بالمكتبة، وذلك بنشر عدد من الفهارس التحليلية المفصَّلة المصنفة وفقًا للفنون والعلوم.
- عقد المؤتمرات البحثية والدورات العلمية المتخصصة التي تخدم جمهور المهتمين بدراسات التراث العربي والإسلامي.