مركز المخطوطات هو أحد مراكز قطاع البحث الأكاديمي بمكتبة الإسكندرية، ويهدف إلى سبر أغوار التراث العربي والإسلامي المخطوط؛ فهرسةً وتحقيقًا ودراسةً. ويضم مركز المخطوطات:

قسم الدراسات والفعاليات الأكاديمية: ويهتم بجمع وترجمة وتحرير الدراسات العلمية الجادة الرصينة المتعلقة بالتراث العربي الإسلامي، بكل تجلياته وعلائقه ووشائجه بغيره من الحضارات القديمة. كما يهتم القسم بالإعداد والإشراف على جميع الفعاليات العلمية والأكاديمية التي يعقدها المركز، مثل الدورات التدريبية المتخصصة، والمؤتمرات العلمية، والندوات.

وحدة فهرسة وتحقيق المخطوطات: وتضم مجموعة من الباحثين الاختصاصيين بفهرسة المخطوطات العربية والإسلامية وتحقيقها، وقد قاموا بفهرسة مجموعات خطية كاملة؛ مثل مجموعة دير الإسكوريال بإسبانيا. واستعانت بهم مؤسسات علمية عالمية كبرى؛ مثل مؤسسة ولكم ترست البريطانية Wellcome Trust Foundation في فهرسة مجموعتها الخطية.

قسم المخطوطات الأصلية: ويضم هذا القسم مجموعاتٍ متنوعةً من المخطوطات، منها المخطوطات الأصلية، وعلى رأسها مجموعةُ مكتبة بلدية الإسكندرية، بالإضافة إلى المجموعات المهداة، وهي: مجموعة مخطوطات الشيخ الحصري، ومخطوطات جمعية تحفيظ القرآن بدمنهور، ومصورات مكتبة مالطا، ومخطوطات مهداة من الأفراد.

ويضمُّ القسمُ أيضًا قاعةً للاطلاع تضمُّ أمهاتِ المصادر التراثية المطبوعة التي يحتاج إليها الدارسون والباحثون في شتَّى مجالات العمل التراثي.