بموجب القرار الجمهوري رقم 268 بتاريخ 12 سبتمبر 2002، أُنشئ مركز المخطوطات بمكتبة الإسكندرية، كمركزٍ علمي وثقافي يندرج تحت قطاع التواصل الثقافي. ومنذ ذلك الحين ومركز المخطوطات يعمل على تكوين صورة رصينة لما يجب أن تكون عليه المراكز العلمية ذات التوجُّه الخدمي للباحثين في مجال المخطوطات والتراث العربي والإسلامي. ويسعى مركز المخطوطات إلى سبر أغوار تراث الحضارة العربية والإسلامية؛ من خلال دراسة ونشر المعرفة التراثية في كل تجلياتها، ومد جسور التواصل الإنساني بين الشعوب والحضارات، والتعمُّق في الغوص في ذاكرة الإنسانية.
وقبل كل شيء تتعيَّن الإشارة إلى الدور الكبير الذي قام به هؤلاء الذين جَنَّدوا طاقاتهم ووقتهم لهذا المركز، من الشخصيات البارزة التي شاركت في بناء هذا الصرح البحثي المتميز، سواء كان ذلك بالعمل البحثي، أو بإهداء المجموعات الخطية، أو تبادل صور المخطوطات. ولهم جميعًا أسمى آيات الشكر والتقدير على ما قدَّموه.
وتركز سياسة المركز الخاصة بتنمية محتواه على الآتي: أولاً: مجموعة المخطوطات الأصلية التي تقارب الخمسة آلاف مخطوط؛ ثانيًا: فهرسة المجموعات الخطية التي يمتلكها المركز (الأصلية، والمصوَّرة)؛ ثالثاً: التوجه الأكاديمي، وما يتضمنه من فعاليات علمية تحافظ على التراث وتتيحه للباحثين. ويهتم مركز المخطوطات - في سبيل تحقيق ما يصبو إليه- بعقد شراكات مع المؤسسات العالمية ذات الخبرة في مجالات العمل التراثي، سواء بشكلٍ دائمٍ، أو دوريًّا من خلال المؤتمرات والندوات والمعارض. ويهدف المركز إلى إتاحة المحتوى التراثي في صورة رقمية، عن طريق رقمنة المجموعات الخطية المحفوظة بالمكتبة ونشرها على قاعدة بيانات إلكترونية، أو حفظها في CDs.