تنظم إدارة متحف المخطوطات مجموعة من الأنشطة بالتعاون مع كلٍّ من مكتبة الطفل ومكتبة النشء ومركز الأنشطة الفرنكوفونية؛ حيث يُقدم النشاط بصفة دورية في عطلة منتصف العام الدراسي وعطلة نهاية السنة الدراسية. تهدف هذه الأنشطة إلى تعزيز حب المعرفة لدى الطالب وتعريف الطفل والنشء بتاريخه وهويته إلى جانب تسليط الضوء على أهم مقتنيات متحف المخطوطات. وتعد الأنشطة جزءًا تثقيفيًّا وتكميليًّا للمعلومات التاريخية التي يتلقاها الطالب خلال العام الدراسي، كما تتعدد المواضيع بما يتناسب مع أعمار الطلبة، ومنها: من اللفافة إلى الكتاب المطبوع - المخطوطات المزوقة - مخطوطات الخط العربي - مهنة المتحفي - تاريخ صناعة الورق - تاريخ مكتبة الإسكندرية القديمة - قصة كسوة الكعبة - مخطوطات العلماء العرب - اختراعات العرب والمسلمين - تاريخ مصر المعاصرة - الحملة الفرنسية بقيادة نابليون - دور محمد علي في نهضة مصر - تاريخ كسوة الكعبة وقصة المحمل المصري - قناة السويس بين الماضي والحاضر.