في إطار سعي المركز للتيسير على الباحثين وتوفير أكبر قدر ممكن من المخطوطات لهم وإتاحتها بأيسر السبل، وذلك من خلال التواصل مع المؤسسات النظيرة وجمع أكبر قدر ممكن من المخطوطات المحفوظة في أماكن متفرقة من العالم، في المكتبات العامة والخاصة أو في مكتبات الجامعات، أو في مكتبات المساجد وغيرها عن طريق عدة روافد؛ منها تبادل نسخ المخطوطات مع هذه المكتبات النظيرة. وهذا التبادل تحكمه مجموعة من الضوابط العامة منها:
- قصر تبادل المخطوطات على المؤسسات والمكتبات التي تقتني أصول المخطوطات المعروضة للتبادل. أو المؤسسات والمكتبات التي تمتلك صوراً لمخطوطات وصلت إليها بطريقة رسمية، بشرط أن يكون لهم الحق في تبادلها أو إهدائها.
- لا يكون التبادل بمقابل مادي، وإنما يكون بنسخ مقابل نسخ أخرى مساوية لها في القيمة.
- التبادل بنسخ مخطوطة على وسائط رقمية (لا تقل درجة وضوحها عن 200DPI) أو أوعية ميكروفيلمية (ميكروفيلم، ميكروفيش)
- يفضل تبادل المكتبات الكاملة.
- يفضل وجود فهرس أو قائمة حصرية على الأقل بالمخطوطات المعروض تبادلها.
- يراعى عند تبادل المجموعات غير الكاملة معايير الندرة مثل: قِدم النسخة، النسخة التي بخط المؤلف، أو بخط أحد العلماء المشهورين، النسخة الفريدة... إلخ)
- لا يسمح بتبادل أو إهداء مخطوطاتنا التي نتبادلها مع الجهات الأخرى إلا بإذن كتابي من إدارة المكتبة، كما لا يسمح باستخدامها في أغراض تجارية.
- تحتفظ المكتبة بحقها في ضرورة أن تثبت المكتبة التي تحصل مخطوطات من مقتنياتنا (أصلية أو مصورة) أرقام حفظ هذه المخطوطات الخاصة بنا في فهارسها وقواعد بياناتها بأي طريق من الطرق.
في غير هذا تخضع جميع عمليات التبادل والإهداء إلى السياسة العامة للمكتبة.