بدأت البرامج السينمائية بمركز الفنون مع افتتاح مكتبة الإسكندرية. ويُعْقد البرنامج ثالث يوم أحد من كل شهر حيث يُعْرض ما بين فيلمين إلى خمسة أفلام روائية شهريًّا ذات محور واحد (أفلام أمريكا اللاتينية، أفلام من أوروبا، أفلام عربية...). وتوفر نشرة السينما معلومات عن الأفلام المعروضة وصانعيها. وأضيفت مؤخرًا فعالية أخرى إلى البرنامج الشهري: ملتقى الأفلام القصيرة الذي يعقد أول يوم أحد من كل شهر، ويعرض أفلامًا قصيرة لمخرجين مخضرمين ومبتدئين من مختلف دول العالم. كما يشجع الملتقى شباب المخرجين المصريين على إقامة العرض الأول لأفلامهم داخل صالات عرض المكتبة.