Las debilidades de las encuestas de rastreo de certificados de nacimiento, incluyen que requieren muchos recursos, particularmente dado el alto nivel de esfuerzo para seguir la pista de niños los cuales son particularmente difícil de seguir en poblaciones altamente emigrantes. Estos estudios no incluyen niños quienes migraron al área en estudio y con frecuencia excluyen a niños que migraron fuera del área de estudio, debido a limitacviones de recursos y puede no ser posible encontrar a estos niños. Además, las tasas de respuestas completas son bajas (80% o menores) lo cual tiene el potencial de introducir sesgo si la cobertura difiere entre niños de quienes si se obtuvieron los datos comparados con niños que no pueden ser encontrados o los datos no fueron reunidos. Como con cualquier medición de la cobertura de inmunización, la validez de los datos puede no ser buena si las historias de inmunización no son verificadas o validadas.