LA NIS conduce encuestas trimestrales en 78 áreas del plan de acción de inmunización (IAP) las cuales incluyen 50 estados, el Distrito de Columbia y 27 áreas urbanas con una muestra anual promedio de 400-500 viviendas en cada área. La primera fase de la NIS es una encuesta de lista aleatoria de marcado que reúne información del niño, de los padres y demográfica. La segunda fase de la NIS es una encuesta chequeo de registro de proveedor la cual reúne el número de dosis por vacuna y luego las compara con el esquema de inmunización para determinar si el niño está actualizado.